根据鹤办发（2019）29号文件，怀化市鹤城区交通运输局内设机构6个，分别为：局办公室（人事教育股、离退休人员服务管理股、科技信息股）、计划基建股、安全监督股、运输管理股（港行管理股、海事管理股）、法制股（行政审批股）、财务审计股。

所属二级单位3个，分别为：怀化市鹤城区交通运输综合行政执法大队、怀化市鹤城区公路建设养护中心、怀化市鹤城区交通运输事务中心。